Il 26 ottobre la squadra di Coulson  è chiamata ad investigare una serie di misteriosi decessi dovuti ad anomalie elettromagnetiche che fanno levitare brevemente il cadavere della vittima.

Nonostante l'idea iniziale degli agenti sia quella di una sorta di serial killer superumano, le indagini fanno emergere che, in realtà, si tratta di un virus alieno contratto accidentalmente da tre vigili del fuoco volontari, Adam Croce, Tony Diaz e Frank Whalen, che avevano prestato soccorso dopo la battaglia di New York e si erano tenuti come souvenir un elmo chitauriano per metterlo nella loro caserma come decorazione.

Thor: The Dark World
Thor: The Dark World

Il 30 ottobre inizia l'evento astrale chiamato Convergenza, causando la formazione di portali che collegano i Nove Mondi. Erik Selvig, ora mentalmente instabile dopo essere stato sottoposto al controllo mentale di Loki, rileva segni della manifestazione e si reca a Stonehenge. Contatta Jane Foster e Darcy Lewis per assisterlo nei suoi studi. 

Selvig appare completamente nudo a Stonehenge e viene quindi arrestato e portato in un reparto psichiatrico a Londra.

Il 31 ottobre Phil Coulson si lascia catturare e inviare in una prigione sotterranea in Siberia per recuperare l'agente Shaw, che era sotto copertura. I due fuggono con l'aiuto di Grant Ward e Melinda May.

Il primo novembre l'esercito di Thor arriva a Vanaheim, il luogo di nascita di Hogun e ultimo regno da salvare. Dopo la sconfitta dei Marauder che terrorizzavano la zona, Hogun decide di stare tra la sua gente, mentre il resto dell'esercito ritorna ad Asgard.

Jane Foster e Darcy Lewis arrivano a Londra, ma non sono in grado di individuare Erik Selvig. Jane ha un appuntamento con un uomo di nome Richard. Lewis la interrompe insieme al suo stagista Ian Boothby per riferire di eventi atmosferici anomali che sono in realtà segni della Convergenza. Foster, Lewis e  Boothby si recano in una fabbrica vicina, dove incontrano tre ragazzi di nome John, Navid e Maddie. I bambini mostrano loro come molti oggetti intorno alla fabbrica scompaiano a mezz'aria o galleggino in aria. Jane su separa dal gruppo e accidentalmente cade attraverso un portale nel nascondiglio del Aether, che la contagia con il suo potere. Poi cade in un altro portale che la riporta a Londra.

Ad Asgard, Heimdall scopre la convergenza è in atto e si rende conto che non è possibile individuare Jane Foster, pertanto Thor si reca sulla Terra per trovarla.

Thor la rintraccia ma quando un agente di polizia viene attaccato dall'Aether quando cerca di toccare Jane, decide di portare la ragazza su Asgard.

Il medico asgardiano, Eir cerca di scoprire cosa è successo a Jane. Odino non approva che Thor abbia portato un essere umano ad Asgard, ma riconosce l'infezione dell'Aether.

La ricomparsa della Aether provoca il risveglio di Malekith e del suo esercito dopo 5000 anni di sonno. Il suo secondo in comando, Algrim, si offre volontario per diventare uno dei Kursed per aumentare la sua forza.

L'Aether
L'Aether

La squadra di Coulson consegna all'Hub le informazioni raccolte dall'agente Shaw, classificate come di Livello 8.

L'Agente Victoria Hand informa Phil Coulson, Grant Ward e Melinda May dell'esistenza di un'arma creata da separatisti dell'Ossezia del Sud, il Dispositivo Overkill. Chiede a Ward e Leo Fitz infiltrarsi in Ossezia del Sud e disabilitare l'arma.

Ward e Fitz cercano di raggiungere i contatti di Ward in Ossezia del Sud, ma vengono catturati. Grazie alla intraprendenza di Fitz, guadagnano la fiducia di abitanti locali che li aiutano ad attraversare la frontiera.

Hand e Coulson discutere il suo recupero, e l'uomo si rende conto di rispondere in modo programmato appena si menziona Tahiti.

Skye cerca di introdursi nel mainframe dell'Hub con l'aiuto di Jemma Simmons. L'Agente Jasper Sitwell quasi cattura Simmons, che in uno stato di panico lo rende incosciente. Mentre hackera il server, Skye sceglie di controllare lo stato della missione di Ward e Fitz invece di cogliere l'opportunità per cercare informazioni sui suoi genitori, ma scopre che l'infiltrazione non include una squadra di estrazione.