Il 6 maggio tre vigili del fuoco volontari, Adam Croce, Tony Diaz e Frank Whalen, aiutano nella pulizia della Battaglia di New York. Trovano un casco Chitauri danneggiato e decidono di metterlo nella loro caserma come decorazione.

Il 7 maggio Tony Stark mostra a James Rhodes il progetto Enoteca, ossia la sua futura Iron Legion. Fury ordina di portare il corpo di Coulson alla Guest House, dove gli verrà trasfuso del sangue alieno nell'ambito del progetto T.A.H.I.T.I.

Lo stesso giorno Benjamin Pollack e la sua fidanzata Claire Wise trovano un'arma Chitauri disattivata. Benny riesce a ripararla e due giorni dopo i due compiono la loro prima rapina in banca. Ne compiranno altre giorno 11, a Richmond, Virginia, il 13 a Greensboro, North Carolina, il 14 a Charleston, South Carolina. Il 16 si sposteranno a Savannah, Georgia. L'agente Blake invia Jasper Sitwell sulle loro tracce.

Il 9 maggio viene effettuato l'intervento su Coulson, che quando si risveglia implora di essere ucciso. Il ricordo dell'operazione viene rimosso e sostituito con quello di una vacanza a Tahiti.

Il 10 maggio i Marauder attaccano Vanaheim. Thor ed Heimdall, usando il Tesseract riparano il Bifrost, allo scopo di potersi spostare nei Nove Mondi per fermare le minacce alla pace. Sulla Terra Jane riflette sul fatto che Thor sia stato sulla Terra e non le abbia neanche mandato un messaggio. Ritiene che tutto il lavoro compiuto nello scorso anno sia stato inutile. L'11 maggio Thor riunisce le truppe Asgardiane incitandole a riprendere il loro ruolo di controllori e pacificatori dei Nove Mondi.

Il 17 maggio Benjamin Pollack e Claire Wise vengono individuati da Sitwell perché con la refurtiva, in contanti e con soldi segnati hanno tentato di acquistare una barca. Nel conflitto a fuoco che ne segue la refurtiva viene distrutta perché Claire ha usato impropriamente l'arma aliena. Sitwel comunica ai due che altri 46 reperti alieni erano stati trovati, ma che questo, il numero 47, era l'unico funzionante. Per sfruttare l'abilità e le conoscenze di Benjamin Sitwell propone loro la grazia in cambio di un lavoro presso lo S.H.I.E.L.D.. Claire verrà assunta come assistente personale dell'Agente Blake.

Il 4 giugno Edison Po viene arrestato per aver accoltellato un uomo negli occhi con un coltello da macellaio a Boston, Massachusetts.

Il 9 agosto Bruno Horgan, conosciuto anche come Melter, attacca Iron Man nel corso di una conferenza stampa alla Stark Tower. Dopo una rapida vittoria, Melter annuncia che metterà in vendita la sua tecnologia di fusione al miglior offerente in pochi giorni.

L'11 agosto Melter sconfigge War Machine. Tony Stark e James Rhodes stipulano un patto: chi non riesce a trovare Horgan per primo deve lucidare l'armatura del vincitore.

Il 12 agosto War Machine fa diversi tentativi per trovare Melter, ma tutti risultano essere vicoli ciechi. Tony Stark lo avvista presso la Stark Tower.

Stark e Rhodes deducono il luogo più probabile del nascondiglio di Horgan sia la discarica. Stark modifica le armature di Iron Man e War Machine in modo da resistere agli attacchi di Melter.

Iron Man e War Machine rintracciano Melter alla discarica e trovano Melter. Lo sconfiggono e Horgan viene preso in custodia dall'Esercito degli Stati Uniti.

Il 19 agosto una nuova esplosione di una bomba viene rivendicata dal terrorista internazionale noto come Il Mandarino.

Il 18 dicembre una nuova esplosione viene rivendicata dal Mandarino; Tony Stark effettua i test sulla nuova armatura Mark XLII, i cui componenti vengono richiamati dai dei sensori sottocutanei che Tony si è iniettato. Inoltre Stark crea un collegamento telepatico tra lui e il computer dell'armatura.

Il 19 dicembre Pepper Potts è preoccupata per le condizioni psicofisiche di Tony Stark che, nonostante abbia incubi e soffra di una sindrome post traumatica, ha lavorato alle sue armature giorno e notte negli ultimi mesi, viene contattata da Aldrich Killian che propone alle Industrie Stark un accordo con l'A.I.M. per il progetto Extremis. Potts rifiuta. Una serie di attentati terroristici da parte del Mandarino ha lasciato le agenzie di intelligence disorientate per la mancanza di prove forensi della presenza di ordigni. Happy viene gravemente ferito in un attacco al Chinese Theatre, provocato da Jack Taggart, modificato da Extremis. Il giorno successivo Tony visita Happy in ospedale e all'uscita, davanti a telecronisti e telecamere di ogni tipo lancia una sfida al Mandarino. Alla sua villa, utilizzando i dati delle riprese della scena dell'attentato, Stark cerca di comprenderne la dinamica.

Il 22 Maya Hansen si presenta alla villa di Tony Stark per avvisarlo di un potenziale pericolo legato a Extremis e a una connessione con il Mandarino. Pochi minuti dopo la villa viene attaccata da elicotteri con armi a razzo. Stark riesce a salvare Pepper e Maya ma viene travolto dal crollo dell'edificio e precipita in mare. Riesce a evitare il collasso dei sistemi e fugge in volo. All'interno è incosciente e il computer J.A.R.V.I.S. si dirige verso Rose Hill, Tennessee, perché ha trovato la località tra i dati su cui Stark stava investigando. Il giorno dopo Tony si risveglia e trascina l'armatura senza energia in una vicina officina dove incontra il piccolo Harley Keener. Mentre il mondo lo crede morto, Tony chiama Pepper e le comunica sulla segreteria di essere sopravvissuto. Stark indaga su una misteriosa esplosione attribuita al Mandarino e comprende che è stata provocata da soggetti modificati da Extremis che, nonostante potenzi i soggetti a cui viene iniettato, li rende instabili e delle vere e proprie bombe umane. In Tennessee viene attaccato da due agenti del Mandarino: Ellen Brandt e Eric Savin. 

Il 24 Stark riesce a infiltrarsi nel Quartier Generale del Mandarino, che ha scoperto essere localizzato a Miami, Florida. Lì scopre che in realtà il terrorista ripreso nei messaggi non è altro che un attore inglese, Trevor Slattery, e che il Mandarino è una creazione di Killian, che si è appropriato del progetto Extremis di Maya Hansen per trovare una cura alla propria disabilità e ha coinvolto nel programma veterani di guerra mutilati. Dopo aver catturato Stark, Killian gli rivela che in realtà è lui il vero Mandarino e di avere in ostaggio Pepper alla quale ha somministrato Extremis, grazie alla complicità di Maya Hansen. Killian uccide la Hansen quando la donna sembra avere un ripensamento. Prima di morire Maya riuscirà a trasferire i dati del progetto Extremis a Tony Stark. Grazie alla complicità del Vice Presidente USA, Killian è riuscito a sottrarre l'armatura di Iron Patriot (War Machine con la livrea a stelle e a strisce). Stark riesce a fuggire e, messosi in contatto con Rhodes, scopre che Killian vuole rapire il Presidente Ellis attaccando l'Air Force One. Telecomandando la sua armatura di Iron Man Tony salva i passeggeri del velivolo ma non riesce a impedire il rapimento del Presidente. Riesce a rintracciare la base di Killian, situata in una piattaforma petrolifera abbandonata della Roxxon. Il piano di Killian è uccidere in diretta TV il Presidente e comandare gli Stati Uniti attraverso il Vice Presidente, che è diventato suo complice quando lo scienziato gli ha proposto di curare con Extremis sua figlia disabile. Nel clima di terrore instaurato dalla pubblica esecuzione del presidente il Congresso USA non si opporrebbe a nuove commesse per l'A.I.M. 

Il giorno di Natale 2012 Tony Stark e James Rhodes attaccano la piattaforma Roxxon per salvare Pepper e il Presidente. Stark richiama tutte le armature che ha realizzato negli scorsi mesi, comandate da J.A.R.V.I.S., come copertura aerea. Tornati in possesso delle loro armature Tony e Rhodes sconfiggeranno gli agenti di Killian ma sarà Pepper, potenziata da Extremis, a salvare per il rotto della cuffia Tony dalla furia di Killian. Dopo la battaglia Stark ordina a J.A.R.V.I.S. di distruggere tutte le armature per dedicare tutto il suo tempo a Pepper. Il Vice Presidente Rodriguez viene arrestato. 

Il 27 dicembre, dopo essere riuscito a stabilizzare gli effetti di Extremis e salvare la vita di Pepper, Stark subisce un intervento chirurgico per rimuovere le schegge vicine al suo cuore. Potrà quindi rimuovere il reattore Arc nel suo petto, meditando se indossare ancora l'armatura di Iron Man. 

Il 6 gennaio 2013, in una sessione di terapia Tony racconta a Bruce Banner la storia dello scontro con Killian, ma Banner si addormenta. Quando Tony lo risveglia Bruce si scusa di non essere il tipo di medico adatto.

(3 – Continua)