Il 4 Febbraio 2014 Edison Po viene fatto fuggire dal Penitenziario Federale di Havenworth da Brian Hayward e un altro soldato potenziato da Centipede.

Per rintracciare la sede del Progetto Centipede progetto, Phil Coulson si reca in una sede di addestramento dello S.H.I.E.L.D. per reclutare Michael Peterson.

J. August Richards è Deathlok in Agents of S.H.I.E.L.D.
J. August Richards è Deathlok in Agents of S.H.I.E.L.D.

Il Team di Coulson rintraccia Laura Hayward, attraverso la cella di telefonata a Brian, a Oakland, California.

Coulson, Peterson, Melinda May e Grant Ward pianificano l'attacco alla sede di Centipede a Oakland. Non sanno di essere attesi da tre soldati. Peterson viene accoltellato subendo gravi ferite ma, nonostante l'infortunio, riesce a sconfiggere la Hayward. Melinda tenta di catturare uno dei soldati, ma questi fugge. Prima di essere interrogata, la Hayward viene uccisa dal suo impianto oculare.

Michael Peterson viene persuaso da Coulson a chiamare il suo figlio, ma è Raina che risponde al telefono, chiedendo a Peterson di tradire Coulson.

Peterson viene dato per morto dallo S.H.I.E.L.D. nell'esplosione che è servita da copertura per la fuga con Coulson catturato.

Il 7 febbraio la squadra di Coulson, con Victoria Hand come agente superiore, interviene nella cattura di Vanchat.

Skye viene cacciata dal Bus dalla Hand, su consiglio di Melinda May. La ragazza si reca a Los Angeles, ruba l'auto di Lloyd Rathman, entra nella sua casa, e accede al suo computer per trovare le tracce del progetto Centipede.

Raina prende il controllo dell'interrogatorio di Phil Coulson dopo che Edison Po viene ucciso dal Chiaroveggente.

Coulson è convinto da Raina a utilizzare un macchina per l'analisi del cervello per vedere cosa è successo durante la sua risurrezione. Scopre così che Tahiti è un impianto di memoria.

Coulson viene rintracciato nel deserto del Mojave e liberato. Raina viene catturata.

Il 9 febbraio Michael Peterson risveglia e scopre che gli manca una gamba, il suo occhio è stato sostituito con un impianto, e che ora è costretto a lavorare per il Chiaroveggente.

Il 25 fingendosi un documentarista, l'agente dei Dieci Anelli Jackson Norriss visita Trevor Slattery alla prigione di Seagate e lo interviste sul suo coinvolgimento con Aldrich Killian. Uccise le guardie, Norriss rivela che è stato il vero Mandarino a ordinargli di catturare Slattery. Scopriamo così che il Mandarino è un autentico leader terrorista e non un'invenzione di Killian di come ipotizzato da Slattery.

Il 27 con l'aiuto di Callie Hannigan, Grant Ward e Skye si trovano all'Accademia dello S.H.I.E.L.D..

Il giovane studente Donnie Gill, sfruttando un suggerimento di Leo Fitz, ha creato un dispositivo di controllo dell'umidità atmosferica per conto di Ian Quinn. Con tale dispositivo Donnie Gill e Seth Dormer originano una super tempesta. Dormer rimane ucciso da un fulmine. Gill viene arrestato e portato al Sandbox, dimostrando un potere di congelamento.

Il 28 febbraio Ian Quinn riceve una telefonata da Phil Coulson. Durante la chiamata, Quinn dice a Coulson che il Chiaroveggente lo saluta.

The Daily Cadet, il giornale degli studenti dell'Accademia di Scienza e Tecnologia dello S.H.I.E.L.D.. pubblica un articolo in prima pagina su Jemma Simmons e Leo Fitz e Donnie Gill.

Il 2 marzo il gruppo di Team Coulson va a Giamaica, su soffiata di John Garrett, per rintracciare un'arma misteriosa collegato a Ian Quinn. Grant Ward e Melinda May prelevano l'arma e vengono salvati per il rotto della cuffia da Phil Coulson.

Leo Fitz e Jemma Simmons scoprono che si tratta di un'arma chitauri potenziata con la tecnologia Overkill.

Il 15 Phil Coulson incontra l'agente Luca Russo per coordinare una missione contro la Cybertek.

Il 16 la squadra si trova sul treno Verona a Zagabria per intercettare una consegna ad Ian Quinn, protetta da mercenari della Cybertek.

Michael Peterson viene rimosso da una camera iperbarica e munito di nuova protesi della gamba, poi uccide Sofia e gli altri dipendenti Cybertek.

Skye viene colpita da due volte all'addome da Quinn. La squadra di Coulson irrompe nella villa di Quinn, arresta Quinn e mette Skye nella camera iperbarica.

Skye viene portata a Zurigo, Svizzera per essere visitata dal Dr. Jazuat al Centro Traumatologico dello S.H.I.E.L.D..

Il gruppo di Garrett s'imbarca sul Bus dopo la squadra di Coulson non riesce a portare Quinn al Frigo.

Il 17 Coulson trova una stanza indicata con la sigla T.A.H.I.T.I. ed è sorpreso nello scoprire il cadavere di un alieno segnato G.H. che viene svuotato dei suoi fluidi corporei.

Il Ricovero viene distrutto e Skye è miracolosamente guarita mediante l'iniezione del preparato GH.325.

Il 20 Lorelei arriva nella Valle della Morte, fermandosi a una locanda lungo la strada dove ammalia con una magia lo sposino Jimmy Mackenzie. L'uomo porta Lorelei a Rosie Desert Oasis in Nevada. Lì Lorelei abbandona e uccide Mackenzie in favore di una gang di motociclisti locali, i Dogs of Hell.